印度尼西亚地处热带，加上面积、群岛地形因素，而得以支持世界第二高的生物多样性，仅次于巴西[136]，动植物混和了亚洲及澳大拉西亚品种。巽他陆棚上的岛屿（苏门答腊、爪哇、婆罗洲和巴厘岛）曾与亚洲大陆相连，而有许多亚洲动物相，如虎、犀牛、猩猩、亚洲象及豹等，曾大量栖息于东至巴厘岛的区域，但现今数量及栖息地已大幅减少。森林覆盖率约60％。在苏门答腊及加里曼丹以亚洲物种占优势；爪哇岛面积较小且人口密度高，大多数森林因人类居住及农业开垦而被砍伐。苏拉威西、努沙登加拉、马鲁古等地长期与大陆分离，演化出特殊的动植物物种；巴布亚的特有种与澳大利亚较为相近。
印度尼西亚的特有种数量仅次于澳大利亚，栖息于印度尼西亚的1,531种鸟类及515种哺乳类特有种中分别占36％及39％。印度尼西亚海岸线长约54,716公里，存在海洋及海岸多种生态系，如沙滩、沙丘、河口湾、红树林、珊瑚礁、海草、泥滩及潮间带等生态系。印度尼西亚东部位于珊瑚三角（Coral Triangle）的范围内，该区域约有1,650种珊瑚鱼[。英国自然学家阿尔弗雷德·华莱士提出分隔亚洲及澳大利亚物种间的隐形界线，即华莱士线，该界线大致沿着巽他陆棚边缘，于加里曼丹及苏拉威西间，于小巽他群岛位于巴厘岛及龙目岛间的龙目海峡，该线以西为亚洲生物相，以东为澳大利亚生物相。在《马来群岛》一书中，华莱士即描述这区域物种相当丰富。该线以东至新几内亚一带即称之为瓦拉西亚（Wallacea）。
印尼料理是世界上最多样化，最有活力，最丰富多彩且充满浓郁风味的料理之一。 各地饮食稍有不同并发展出许多地区性料理，以当地物产与饮食文化为基础，加上外来饮食文化的影响，例如印度、中东、中国和欧洲的影响。主食为稻米，搭配肉类和蔬菜。香料、椰浆为常用的食材，烹煮方式以煎、炸、烤等方式为主。
一些受欢迎的料理，如Nasi goreng（炒饭）、Gado gado（沙拉）、Sate（烤肉串）和Soto ayam（鸡汤），遍布全国各地，被认为是国家美食。2014年，旅游部选择Nasi tumpeng（塑形成圆锥状并搭配多种配料的姜黄饭）作为官方的国家美食，称其包含了各种烹煮传统的多样性。其他受欢迎的料理包括Rendang（仁当，一种类似咖喱但酱汁较少的印尼米南佳保料理或称巴东料理），还有Dendeng（炸肉干）和Gulai（一种类似咖喱的料理）。 另外有一种发酵食品Oncom，类似于Tempeh（天贝，一种豆类发酵食品），但使用不同食材（通常使用食品加工副产品，例如豆渣或榨油饼）和不同菌种制作，常见于西爪哇。
呵呵?，我在印尼待了两个月，也和当地的华人认识，所以说两句。第一就是天气，印尼分雨季和旱季跟其他的东南亚国家相似，但由于靠近赤度所以紫外线很强，在屋外没遮挡的话很快就觉得皮肤刺痛。第二是饮食，本土菜我觉得臭臭的[呲牙]，但是巴东菜我很喜欢，另外注意的是尽量别用左手拿食物，你们懂的（印尼是世界上最大的穆斯林国家）。跟着就是酒很贵，啤酒平均人民币20多一瓶 ，华人开的小卖部有烈酒（二锅头之类），没买过不知道价钱。第三就是安全问题，当地腐败严重，警察收钱无所顾忌，华人基本就是有钱人的代名词，所以自己想。第四是环境，城市里很差，脏和乱。到景点就很漂亮。补充一句，当地土著的样子很丑，但是混血的很漂亮。好了没其他了。
有美国人拍的纪录片，杀戮演绎，通过这部纪录片，会看到印尼人有多么扭曲变态，几十万华人被残酷杀害。导演拍完后说再也不会去印尼了
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