其实说到二者之间的关系，几句话就能说出个大概：
最早的印度是纯印度教国家，但后来巴布尔建立了莫卧儿王朝，就把信奉伊斯兰教的部族带到了印度，于是之前只信奉印度教的印度内部，就出现了两个教派：
一个是自古有之的印度教，一个是外来的伊斯兰教。
二者共存，打破了此前印度教在印度的唯一地位。
而莫卧儿王朝当时的范围，恰好就包含现在的印度与巴基斯坦，我们可以将此时的印度认为是印度教集中的地区，而伊斯兰教集中的地区，则是巴基斯坦，所以等到英国人殖民时期，吞并了原先的莫卧儿王朝领土，因此莫卧儿王朝原有的伊斯兰教部分与印度教部分，依旧共存于“英属印度”之内。
可是到了1947年6月，英国突然颁布了《蒙巴顿方案》，对印度实行“印巴分治”。
所以这就导致英属印度分裂成了两个地区，一个是印度教占据主导地位的印度，另一个则是伊斯兰教占据主导地位的巴基斯坦，而在这一年的8月14日，巴基斯坦也宣布独立，成为“巴基斯坦自治领”，朝着完全独立跨出了巨大一步。
（自治领：指英国殖民体制下，没有对外宣战权，以及保留部分自主外交权的殖民政治体制，距离“完全独立”只有一步之遥。）
再到1956年的3月23日，该自治领成立“巴基斯坦伊斯兰共和国”，宣布正式独立。
但直到英国人被赶跑，从始至终也没有对印度和巴基斯坦的归属进行明确划分，本来英国人颁布《蒙巴顿方案》的目的，是为了制约两教的宗教矛盾，谁知却如同当年比利时针对卢旺达施行的政策一样，非但没缓解宗教矛盾，反而彻底激化了宗教矛盾，所以在印度教与伊斯兰教互相看不顺眼的情况下，二者之间又由于《蒙巴顿方案》的分治，使得巴基斯坦独立出印度，这就更加导致了双方矛盾的激化。
所以总的来说，印度和巴基斯坦之间，存在着两种主要矛盾：
一是宗教矛盾，即伊斯兰教与印度教之间的矛盾。
二是领土矛盾，因巴基斯坦在宣布独立以前，同为“英属印度”，但分裂以后，这部分领土主权就脱离了英国乃至印度的控制，而成为一个新兴的独立国家，所以印度自然无法接受原有的领土独立出去，从而造成了二者之间激烈的领土矛盾。
再加上后来巴基斯坦原本控制的“东孟加拉邦”，脱离了巴基斯坦的控制，独立为孟加拉国，以及克什米尔地区自13世纪以后的领土争端问题，到现在仍然没有解决，所以新闻中经常能够看到巴基斯坦与印度为了克什米尔的主权问题，甚至是和孟加拉国内部爆发种族冲突。
总结而言，印度与巴基斯坦之间的关系，是非常复杂且矛盾的，一方面两国在历史上有极深的渊源，莫卧儿王朝时期是同一个国家，但莫卧儿王朝灭亡以后，英国人又将此占领成为殖民地，可等到二战以后，英国却采取了“印巴分治”的政策，导致伊斯兰教与印度教之间的矛盾逐渐从内部浮出表面，变得日益激烈，最终导致了巴基斯坦的独立，又由于东巴基斯坦地区自古以来的民族，文化，以及语言和巴基斯坦以及印度，都存在着巨大差异，于是又导致了孟加拉国的独立。
而为了牵制住巴基斯坦，印度又出兵支持孟加拉国的独立，就进一步导致了印度与巴基斯坦之间的关系恶化。
其实早在印巴分治时期，当时还是英属印度一个省的“东孟加拉邦”，就已归为巴基斯坦统治，所以两国对于孟加拉国的博弈，实际上背后仍然是印度与巴基斯坦的领土矛盾。
至于克什米尔地区，那就更复杂了，因为巴基斯坦与印度，同时宣布对克什米尔全境拥有主权，双方都认为克什米尔是自己国家的领土，因此克什米尔地区始终存在着更为复杂的领土争议，这是历史遗留问题。
而且历史上多个王朝政权，皆对克什米尔地区进行过统治，因此直到今天，双方的领土争议一直没能得到解决，所以我们经常能看到新闻上说，印巴之间又因为克什米尔地区的主权问题爆发冲突，原因就是双方都认为自己拥有克什米尔地区的主权，可又因为上述的双方矛盾，谁都互相不承认，就导致了今天这种极为复杂的冲突局面。
巴基斯坦和印度间可以用历史和现实矛盾进行解说。
（1）统治型宗教伊斯兰与被统治型印度教间几百年区别，但历史问题在重要也没有现实问题重要。两国现实问题间主要就是存在宗教和领土问题
1526年，帖木儿帝国土崩瓦解后的王室人员攻入印度，建立了莫卧儿帝国，直到1858年被英国彻底吞并，立国332年。
在三百年的时间里，莫卧儿帝国受伊斯兰文化、印度教文化、波斯文化。作为统治阶层，伊斯兰文化占据主流，在实际统治中自然会有各种矛盾。久而久之，化作一种教派冲突。一直到今天都是如此。
莫卧儿帝国
然而，如果没有领土问题的话，双方的恩怨也没有这么强大。
（2）独立后，受英帝国挑拨下的领土纠纷
“日不落帝国”在“二战”后开始衰落，一方面为了快速离开被人激烈反对古印度地区，省得最终丢人现眼被赶走。英国在“印巴分治”过程中，炮制各列强划分非洲的经验，极为阴险地把“古印度地区”划分为印度和巴基斯坦两个国家，同时，每个国家都有从历史上、现实上、宗教上不愿意留在某个国家的地区。例如穆斯林地区不愿意在印度，印度教地区不愿意在巴基斯坦。
一方面，“印巴分治”也确实难，领土问题非常伤人、伤脑筋且利益纠葛太多。英国在阴险的同时，也确实比较难。
在两国的领土纠纷中，最危险的就是“克什米尔问题”。
（3）三次战争下，巴基斯坦损失惨重，印度为防止巴基斯坦壮大也是用尽心思，巴基斯坦为了自强、自保也是用尽全力
因为“克什米尔问题”双方爆发三次战争，总体上，巴基斯坦损失惨重。现在我们都知道巴基斯坦领土面积不到90万平方公里，其实“印巴分治”时，巴基斯坦的领土面积在110万平方公里左右。其中，最大的孟加拉国是在“第三次印巴战争”（1971—1972年）后独立出巴基斯坦的，之前，孟加拉被称为“东巴”。
在克什米尔的19万平方公里土地上，印度占有五分之三。
经过三次战争，印度和苏联结成盟友关系，苏联帮助印度向北进展。巴基斯坦则与美国形成盟友关系。印度和巴基斯坦加入“冷战”环境下的阵营划分。
“冷战”结束、苏联解体后，两国仍然因为边境问题不断发生冲突。印度一直梦想着成为“世界性强国”；巴基斯坦则梦想着自身强大、收回故土，至少也要保证，不再成为弱者。由此，两国逐渐形成“亚洲的法德情结”。
由于一些历史和政治事件，印度和巴基斯坦之间的关系且基本上是敌对的。1947年英属印度的暴力分裂，两个新的主权国家成立了印度自治领和巴基斯坦的统治。两国以宗教为依据，信印度教的归印度，信伊斯兰教的归巴基斯坦，这不靠谱的分家方式造成1250万人流离失所，估计生命损失从数十万到100万不等。
独立后不久，印度和巴基斯坦建立了外交关系，但暴力分裂和众多领土要求将掩盖他们的关系。自独立以来克什米尔成为了两国冲突的主要矛盾，两国已经打了三场大战，一场未宣战的战争，并参与了无数的武装冲突和军事对峙。克什米尔为主要冲点，1971年的印巴战争和孟加拉解放战争，造成的分裂东巴基斯坦（现孟加拉国）。
1971年战争结束后，巴基斯坦和印度在关系正常化方面进展缓慢。1972年7月，印度总理英迪拉·甘地和巴基斯坦总统佐尔菲卡·阿里·布托在西姆拉的印度山站会面。他们签署了“ 西姆拉协定”，印度将返回所有巴基斯坦人员（超过90,000人）并占领西部地区，两国将“通过双边谈判以和平方式部分解决分歧”。外交和贸易关系也于1976年重新建立。但大大小小的冲突还是不断。
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