因为巴拿马运河是靠船闸通航的，下面这张图很直观地展现了运河的结构。
这图一目了然，左边是大西洋，中间最高的湖是加通湖，湖面海拔26米。加通湖和大西洋之间有3道船闸，船只在船闸中被提升26米进入加通湖，然后通过1道船闸进入湖面海拔16.5米的米拉弗洛雷斯湖，再经过2道船闸进入太平洋。
从大西洋一侧进入太平洋的路程如下：
1、从大西洋进入巴伊亚湾，这是一个自然海湾，入口长8.8公里。
2、接下来经过一条长约3.2公里的水道进入船闸。
3、连续3道船闸将船只抬升进入海拔26米的加通湖，长1.9千米。
4、船只在湖中航行24.5公里。
5、查格雷斯河从加通湖流出，长约8.5公里。
6、经过12.6公里的库雷布拉峡谷。
7、经过长1.4公里的佩德罗米格尔船闸下降到人工湖米拉弗洛雷斯湖。
8、在米拉弗洛雷斯湖航行1.7公里。
9、经过两道船闸，长约1.7公里。
10、进入巴尔博亚港，可以通过多种方式转运货物（铁路与航线交汇），巴拿马城也在附近。
11、从这个港口再航行13.2公里就能进入太平洋（巴拿马湾）。
整个巴拿马运河长约80公里，需要约10个小时才能通过，但相比从麦哲伦海峡绕路缩短了近1万公里的航程。
所以巴拿马运河没有直接连通大西洋和太平洋，而是在巴拿马地峡分水岭的山顶用大坝拦水形成了加通湖，然后建设水道和船闸把加通湖的湖水一层一层的往下放，以实现通航，如果不造船闸，水都要全部流入大洋，根本无法实现通航。
巴拿马运河和苏伊士运河不一样，苏伊士运河没有船闸，直接沟通了大西洋（地中海）和印度洋（红海），巴拿马运河里是淡水，苏伊士运河里是海水。
原因之一是:巴拿马运河全长81千米，北端的大西洋洋面比南端的太平洋洋面高出20多厘米。苏伊士运河就不存在这一现象。（两大洋本是相通的，为什么不水平呢？有点怪）
原因之二是:世界最长的山系——科迪勒拉山系从北美洲经巴拿马直达南美洲，巴拿马运河穿过这个山脊造成了巨大的土石方开挖量。于是从经济性上考虑，建造三座船闸，抬高运河河面26米，节省工程费以百亿美元计。
巴拿马运河有两不平，一是运河两端的太平洋与大西洋海平面不平（约50厘米），二是运河与两端的海平面也不平（约26米）；前者不影响航行，后者倒是对航行有较大的影响。
那么，巴拿马运河为什么会建成船闸式而与两端的海平面不一样高呢？
小本认为，巴拿马运河是人工运河，是商业化运作，肯定要考虑性价比与可行性，要实现利润最大化；其修建，必然考虑建造与运行成本、地理地势地形、商业资金筹备、施工条件与工程技术等。
其一，巴拿马运河的原理与中国两千多年前的灵渠一样，都充分考虑了水源，设计出分水岭，利用了多级船闸；巴拿马运河区是热带雨林，常年有较高的降水量，加通湖保证了船闸式运河的水源。
其二，巴拿马运河位于巴拿马地峡上，虽然只有80公里，海拔也不高，这也是当初战胜“尼加拉瓜运河”方案的原因；但是，这海拔不高的80公里能阻隔太平洋与大西洋是有道理的，这是纵贯南北美洲的科迪勒拉山系的一部分，花岗石地基压根儿没法挖掘。
其三，巴拿马运河是法国在19世纪末开工的，复杂的地形、恶劣的自然（气候）、坚硬的花岗石（工程量太大）很快让法国人破产；1903年美国接收这一烂尾工程，吸取法国的教训，参考当时的工程技术水平、资金投入（筹备能力）、有利的自然条件（水源），较大地回避了坚硬的岩石，充分利用加通湖，采用了三级水闸（加通湖两头各三道船闸），联通两大洋；实践证明，这是明智的，资源、资金、技术上都可行，1914年，巴拿马运河开通运行，没有再次烂尾。
其四，加通湖海拔有26米，离两头的大洋却只有几十公里，既然不能凿平，就没法自然流淌，一是落差大无法行船，二是也没那么多淡水来流动；采用多级船闸，虽然行船慢一些，但更现实。
其五，实践运行中，巴拿马对运河进行了改造，既使有资金，也有技术，仍然维持原有的运行原理，还是坚持一个湖，两头各三道船闸来联通太平洋与大西洋，没有把巴拿马运河挖掘得跟海平面一个高度；这也说明，当初的多级船闸式运河方案是最优的。
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