要弄清楚这个问题，首先要知道阿里巴巴跟京东各自的商业模式。京东是靠卖电子光磁光品起家的，而马云的阿里巴巴从一开始就定位于服务全球。
作为一名有着20多年的电商从业者，我感觉我来回答你的这个问题再合适不过了。
1、首先我们说说阿里巴巴跟京东的诞生
一、阿里巴巴的诞生
1999年马云在杭州西湖携18罗汉创建阿里巴巴，阿里巴巴最开始的使命就是:让天下没有难做的生意，立志服务于中小企业，帮助中小企业盈利，这就是阿里巴巴最开始的初衷。
据说阿里巴巴这个名字刚刚想注册的时候已经被加拿大人注册了，后来马云花了3000美元把这个域名给买了下来，因为阿里巴巴在世界通用，事后证明阿里巴巴这个名字买的确实很值。
二、京东的诞生
1998年6月18日，24岁的刘强东刚刚还完20多万的外债，用身上仅存的1.2万元来到中关村租了一个四平米的小柜台，贩卖起刻录机等光磁产品。
刚刚入行的刘强东发现身边大量的小商小贩在售卖假货，甚至老板在跟员工开会时，都是教底下的员工如何把假货卖出去。因为卖一件假货水货的利润是卖正品的10倍。而刘强东面对这些诱惑没有受到丝毫影响，继续卖他的正品行货，而且刘强东在卖光磁产品时，第一个明码标价，帮客户开正规发票，客户要买的话也不接受讨价还价。
经过三年的发展，到2001年，京东多媒体已经成为中关村最大的光磁产品代理商，年销售额突破千万大关。
这也为日后京东的快速发展奠定了基础。
2、阿里巴巴跟京东的模式对比
电商
阿里巴巴起步于电商，但不止步于电商。京东起于电商，聚焦于电商。
阿里巴巴最开始是做B2B业务的，换句话说就是链接工厂与中小企业之间的批发业务，而阿里巴巴只是在网上做个平台对接。直到2003年，淘宝的诞生才算打入了C2C业务，2009年天猫的成立才正式进入B2C业务。
阿里巴巴最开始做的是电商业务，但是经过几年的发展之后，就开始向其他领域扩张，譬如:衣食日常、出行领域、物流配送、金融理财、办公教育、大健康、娱乐传媒等各行各业，几乎一个人从出生到死亡用到的方方面面的东西，阿里巴巴都有涉猎，都有投资。
而京东就不一样，京东一辈子只做一件事情:电商零售。
有人就说京东不是还有物流吗？其实京东做物流是迫不得已的，2006年，京东卖的都是电脑等高端产品，随便一件都是三四千，当时的物流都是中通、申通等四通一达，服务质量特别差，不仅包裹容易摔坏，而且还会出现被偷现象。
正是在这种背景下，刘强东通过数据分析，发现70%以上的客户投诉都是来自物流，于是刘强东才决定自建物流体系。
这不仅在全中国没有先例，就是放眼全世界也是没有这样的案例。当时不仅京东内部团队反对声特别多，就连外界投资者，电商同行都非常不看好。
但是后来事实证明京东自建物流是对的，正是因为自建物流才让京东在跟阿里巴巴的对决中有了属于自己的杀手锏。
京东后来又做了金融，其实京东是不想做金融的，因为做电商必须要用到金融体系。
2011年5月，刘强东正式宣布弃用支付宝，跟支付宝彻底断绝关系。2013年，京东金融宣布正式上线，京东白条，京东金条、京东理财等产品相继杀出。
京东后来又成立了一个京东科技，其实里面的无人仓、无人机、无人车都是为了更好的服务于电商，始终围绕着成本、效率、用户体验而展开的。
京东健康的推出也是京东零售的一部分。
所以归结起来就是，阿里巴巴虽然起步于电商，但是不止步于电商，而京东起步于电商，始终聚焦于电商，一切的发展都是为了更好地服务于电商零售。
3、刘强东与马云的性格对比
一、马云务虚，刘强东务实
如果把马云跟刘强东放在一起对比，你会发现马云这个人是个浪漫主义者，喜欢天马行空，好大喜功，夸夸其谈。喜欢到处抛头露面，喜欢参加各种演讲，各种演唱会，给别人的感觉就是这个世界缺少他就不行似的。
反观刘强东就比较低调一些，很少参加大型活动，安分守己，低调做事。并且每年给自己安排一天时间去体验配送员生活。
如果马云是黄药师，那刘强东就是郭靖。
如果马云是风清扬，那刘强东就是狄云。
一个天马行空，一个老老实实。
二、马云心杂，刘强东专一
马云自己曾经说过，如果地上有9只兔子，你千万不能每个都去抓，要死死的盯着一个兔子，如果每个都去抓的话，你一个都抓不到。
然而在现实生活中，阿里巴巴就是那个看到9只兔子，9只兔子都抓的人。
阿里巴巴看到音乐很赚钱，就投资收购天天动听，虾米音乐。
阿里巴巴看到视频很赚钱，于是就投资收购优酷土豆。
阿里巴巴看到浏览器很赚钱，于是就投资收购UC。
阿里巴巴看到新零售很赚钱，于是就投资收购高鑫零售、大润发。
阿里巴巴看到外卖行业很赚钱，于是就投资收购饿了么。
阿里巴巴看到地图很赚钱，于是就投资收购高德地图。
阿里巴巴看到手机业务很赚钱，于是就投资收购魅族。
阿里巴巴看到应用程序很赚钱，于是就投资收购豌豆荚。
阿里巴巴看到出行领域很赚钱，于是就投资收购了滴滴。
阿里巴巴看到社区团购很赚钱，于是又投资收购了十荟团。
阿里巴巴看到物流领域很赚钱，于是又投资了菜鸟网络。
……
反观京东就没有那么心杂，而是心无旁骛专心致志，一辈子永远只做一件事情:电商零售，与这个行业无关的一概不碰。
4、京东成为中国第二大民企，马云到底输在哪里？
个人认为京东成为中国第二大民企，马云输在了以下三个方面:
一、创始人的性格
马云虽然口才好，懂应酬。但是他性格中有个致命的弱点:那就是狂妄自大，膨胀无比。
马云经常在公众场合说起:自己对钱不感兴趣，如果真不感兴趣的话，为什么不直接捐给贫困老百姓呢。
还有很多言语，令人吃惊！譬如:我一个月赚了几十个已经让人很痛苦。我这辈子最后悔的事情就是创立阿里巴巴。“钱是这个世界上最容易得到的东西”。等等。
且不说马云到处演讲，开演唱会，出席各种会议，跟明星歌星拍电影、合唱。单就这些很痛苦的言语足以让马云出尽风头，风头出尽未必是好事，因为枪打出头鸟。
反观刘强东就显得低调很多，一心一意为国为民，为灾区捐赠自己的物资。聚精会神搞企业，尽心尽力为员工谋福利。始终围绕电商零售领域去降低成本，提高效率，提高用户体验。
二、阿里巴巴跟京东的模式
a、假货问题
阿里巴巴是一个大平台，相当于一个收租的，它只提供一个菜市场，至于你们要卖什么？怎么卖？卖什么价格？用什么车运输？客户退货怎么办？统统一切阿里巴巴都不管，阿里巴巴要做的就是:收租！
这就无形之中给了小商小贩一些勇气:售假。所以在淘宝上假货水货横行，淘宝阿里只是睁一只眼闭一只眼而已，只要有钱收租就行。
反观京东一直坚持正品行货，从来不售卖一件假货，正如2003年一位版主看到京东多媒体一样，立刻给京东多媒体打个广告:这是我在中关村整整五年没有卖过一件假货的商家。
在京东开店的卖家，京东第一件事情就是跟卖家签订合同:只要敢在京东上面卖一件假货，直接罚款100万，并且会想尽一切办法让你破产。
并且京东还跟工商局将数据打通，一旦发现有售假商家，第一时间捣毁老巢，让售假商家无处可逃。
b、物流问题
京东是2007年自建物流，阿里巴巴是2013年才正式组建菜鸟网络。
京东物流跟菜鸟物流对比起来，很明显京东物流强过菜鸟物流。
当京东物流做到上午买，下午达的时候，菜鸟物流还要两三天。当京东物流做到小时达的时候，菜鸟物流才刚刚宣布次日达。
论速度，菜鸟物流完全落后于京东物流。
论资格，菜鸟物流比京东物流小了整整六岁。
论市值，京东物流市值也是吊打菜鸟物流。
论服务态度，京东物流送货上门，菜鸟物流直接扔在菜鸟驿站。
物流这块，阿里巴巴明显落后于京东。
c、售后问题
在淘宝买一件商品，如果觉得不合适想退换，你还得自己在中通或者顺丰APP下单，自掏腰包寄回给商家，万一中途物流有些破损，责任还在买方，并且退款还要等卖家审核。
而在京东上买的商品，只要自己感觉不合适，京东软件上一申请，马上有京东快递小哥过来取件，而且分文不收。退款也是极快。
关于售后问题，个人认为，京东绝对优于淘宝天猫。
三、口碑
除了创始人的性格跟阿里京东模式外，目前淘宝天猫的口碑明显落后于京东。
同样一件商品，在淘宝上购物，不仅物流速度慢，而且质量也不如京东，淘宝唯一的优势就是价格，因为淘宝确实比京东要便宜。
但是在价格方面，拼多多明显优于淘宝，同样的商品拼多多价格比淘宝还便宜。
当中国的中产阶级越来越多的时候，我坚信越来越多的人会选择上京东购物，因为大家都有钱了，只要口碑好，就应该获得用户群体。
最后总结
回到问题的原始，京东成为中国第二大民企，马云到底输在了哪里？
个人认为，有以下三点:
1、创始人的性格方面，马云务虚，刘强东务实。马云心杂，刘强东专心致志。马云天马行空，夸夸其谈，刘强东老老实实做人，踏踏实实做事。
2、阿里巴巴跟京东模式决定的。阿里是一个大平台，鱼目混杂，而京东就是一个正规商城，杜绝假货水货，坚持开发票，绝不偷税漏税。而且一辈子只做一件事情:电商零售。
3、京东的口碑明显好过阿里巴巴。
这三点就是马云输的地方。
以上就是我的回答，谢谢！
1.做生意的模式决定的。
简单的说，京东做的是网上自己开的店，自己的物流，自己的快递小哥。
而马云做的是建立一个网上商城，出租给别人做，收佣金。快递也是靠别人物流来送。
自己开店，自己的物流，虽然开支大，但产品质量，快递物流，售后服务都是自己管理，自己管控，这样效果好，效率高，产品有保障，服务感受好。
而别人租房来做生意，为了赚钱，可以卖假货，可以欺骗消费者，物流哪个便宜送哪个，售后服务能不管就不管，马云就管不了那么多那么细。
2.两人的个性不一样。
马云是浪漫主义者，做事天马行空，好大喜功，夸夸其谈。喜欢抛头露面，喜欢受人追捧。口才好，应酬多。这就导致后期他的时间和精力不是在业务上，而是社会应酬上。而且说的太多，容易言多必失，社会影响不好。容易招人不喜欢。
而刘强东从农村出来，一路打拼，是个务实主义者，更是个现实主义者，做事低调，一步一个脚印，来实现自己的目标，是个事业上的狠人。
首先声明马云没输哈，不过记得前几年刘强东接受采访时说过:天猫一定会逐步的学习京东的模式。那时候京东还没有今天的规模，马云也对刘强东的话嗤之以鼻。到今天看来，刘强东的话应验了，马云被打脸了。
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