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首先我们从两者的定义看一下：
保税区(Bonded Area ;the low-tax; tariff-free zone ;tax-protected zone)，也称保税仓库区，级别低于综合保税区。这是一国海关设置的或经海关批准注册、受海关监督和管理的可以较长时间存储商品的区域。是经国务院批准设立的、海关实施特殊监管的经济区域。
自由贸易区 (Free Trade Zone，简称FTZ)是指在贸易和投资等方面比世贸组织有关规定更加优惠的贸易安排;在主权国家或地区的关境以外，划出特定的区域，准许外国商品豁免关税自由进出。实质上是采取自由港政策的关税隔离区。从定义上来看保税区是自贸区的一种。
一、监管理念：从货物管理转变为企业管理;
二、贸易的开放度：实行与国际接轨的多元贸易模式;
三、政策的开放度：主要体现在投资管理和外汇政策。即“一线”放开，“二线”管住。一线是指境外和区内之间的关系，货物在区内可自由出入境;二线指的是区内和境内之间的关系，货物从自由贸易区出入境内非自由贸易区要征收相应的税收。
直接上图看一下他们的区别：
希望对你有帮助。
保税区和自贸区
一是监管理念，从货物管理转变为企业管理；二是贸易的开放度，实行与国际接轨的多元贸易模式；三是政策的开放度，主要体现在投资管理和外汇政策。
其中，中国（上海）自由贸易试验区的最大特色是境内关外的特殊监管制度，即一线放开，二线管住。一线是指境外和区内之间的关系，货物在区内可自由出入境；二线指的是区内和境内之间的关系，货物从自由贸易区出入境内非自由贸易区要征收相应的税收。
其次，上海自贸区将突破现有的条框，更强调贸易和投资自由化。举例而言，尽管此前的外高桥保税区具备了国际上自由贸易园区的部分功能，但面对企业需求和经济发展需求，还存在一定差距。
上海自贸区在相关制度方面的突破和创新，则有利于跨国公司内部的全球调拨，同时吸引更多金融机构在区内注册开业。具体措施包括，允许符合条件的民营资本与外资金融机构共同设立中外合资银行，允许融资租赁公司在区内设立单机单船子公司不设最低注册资本限制，以及在风险可控的前提下，对人民币资本项目可兑换进行先行先试等。
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